O Programa Institutos Nacionais de Ciência e Tecnologia (INCTs) visa articular e agregar, a nível nacional, os melhores grupos de pesquisa em áreas de fronteira da ciência e campos estratégicos para o desenvolvimento sustentável do país. Visa também impulsionar a pesquisa científica competitiva internacionalmente, bem como estimular o desenvolvimento de pesquisa científica e tecnológica de ponta associada a aplicações, promovendo a inovação e o espírito empreendedor, em articulação com empresas inovadoras, nas áreas do Sistema Brasileiro de Tecnologia (Sibratec).

Nome do Instituto	Unidade	Responsável
INCT de Análise Integrada do Risco Ambiental (INAIRA)	FM	Paulo Hilario Nascimento Saldiva
INCT de Astrofísica	IAG	Joao Evangelista Steiner
INCT de Biotecnologia Estrutural e Química Medicinal em Doenças Infecciosas (INBEQMeDI)	IFSC	Richard Charles Garratt
INCT de Células-Tronco e Terapia Celular	FMRP	Roberto Passetto Falcão
INCT de Células-Tronco em Doenças Genéticas Humanas	IB	Mayana Zatz
INCT de Eletrônica Orgânica	IFSC	Roberto Mendonça Faria
INCT de Engenharia da Irrigação	ESALQ	Jose Antônio Frizzone
INCT de Estudos do Meio Ambiente	POLI	Claudio Augusto Oller do Nascimento
INCT de Fluidos Complexos	IF	Antonio Martins Figueiredo Neto
INCT de Investigação em Imunologia (iii)	FM	Jorge Elias Kalil Filho
INCT de Processos Redox em Biomedicina (REDOXOMA)	IQ	Ohara Augusto
INCT de Psiquiatria do Desenvolvimento para Crianças e Adolescentes (INPD)	FM	Euripedes Constantino Miguel Filho
INCT de Semioquímicos na Agricultura	ESALQ	José Roberto Postali Parra
INCT de Técnicas Analíticas Aplicadas a Exploração de Petróleo e Gás (Petrotec)	IEE	Colombo Celso Gaeta Tassinari
INCT do Bioetanol	IB	Marcos Silveira Buckeridge
INCT em Óptica e Fotônica (INOF)	IFSC	Vanderlei Salvador Bagnato
INCT em Sistemas Embarcados Críticos (SEC)	ICMC	José Carlos Maldonado
INCT sobre Violência, Democracia e Segurança Cidadã	FFLCH	Sergio França Adorno de Abreu
INCT sobre Terras Raras	POLI	Fernando José Gomes Landgraf