O Programa Institutos Nacionais de Ciência e Tecnologia (INCTs) visa articular e agregar, a nível nacional, os melhores grupos de pesquisa em áreas de fronteira da ciência e campos estratégicos para o desenvolvimento sustentável do país. Visa também impulsionar a pesquisa científica competitiva internacionalmente, bem como estimular o desenvolvimento de pesquisa científica e tecnológica de ponta associada a aplicações, promovendo a inovação e o espírito empreendedor, em articulação com empresas inovadoras, nas áreas do Sistema Brasileiro de Tecnologia (Sibratec).
| INCT | Coordenador | Unidade |
| INCT Translacional em Medicina | Jaime Eduardo Cecilio Hallak | FMRP |
| INCT de Investigação em Imunologia | Jorge Elias Kalil Filho | FM |
| INCT em Células-Tronco e Terapia Celular no Cancer | Dimas Tadeu Covas | FMRP |
| INCT de Óptica Básica e Aplicada às Ciências da Vida | Vanderlei Salvador Bagnato | IFSC |
| Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fluidos Complexos | Antonio Martins Figueiredo Neto | IF |
| Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia do Bioetanol | Marcos Silveira Buckeridge | ICB |
| Envelhecimento e Doenças Genéticas: Genômica E Metagenômica | Mayana Zatz | IB |
| Instituto Nacional de Biomarcadores em Neuropsiquiatria (INBioN) | Wagner Farid Gattaz | FM |
| INCT da Internet do Futuro | Fábio Kon | IME |
| INCT de Psiquiatria do Desenvolvimento para Crianças e Adolescentes | Euripedes Constantino Miguel | FM |
| Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia em Eletrônica Orgânica – INEO | Roberto Mendonca Faria | IFSC |
| Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia em Medicina Assistida por Computação Científica (INCT-MACC) | José Eduardo Krieger | FM |
| Tecnologias Ecoeficientes Avançadas em Produtos Cimenticios | Vanderley Moacyr John | POLI |
| Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia para Sistemas Autônomos Cooperativos Aplicados em Segurança e Meio Ambiente | Marco Henrique Terra | EESC |
| Instituto Nacional de Ciância e Tecnologia de Semioquímicos na Agricultura | José Roberto Postali Parra | ESALQ |
| Nanotecnologia Farmacêutica: uma abordagem transdisciplinar – INCT- NANOFARMA | Maria Vitória Lopes Badra Bentley | FCF-RP |
| INCT Ímãs de Terras Raras. | Fernando José Gomes Landgraf | POLI |