Os Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão (CEPIDs) têm por missão desenvolver investigação fundamental ou aplicada, focada em temas específicos; contribuir para a inovação por meio de transferência de tecnologia; e oferecer atividades de extensão voltadas para o ensino fundamental e médio e para o público em geral.
O programa foi iniciado pela FAPESP em 2000, com suporte a 11 Centros de pesquisa entre 2001 e 2013. Em 2011, foi anunciada uma segunda chamada de propostas, que deu origem aos 17 CEPIDs atualmente apoiados.
Os temas de pesquisa dos Centros incluem: alimentos e nutrição; vidros e cerâmica; materiais funcionais; neurociência e neurotecnologia; doenças inflamatórias; biodiversidade e descoberta de novas drogas; toxinas, resposta imune e sinalização celular; neuromatemática; ciências matemáticas aplicadas à indústria; obesidade e doenças associadas; terapia celular; estudos metropolitanos; genoma humano e células-tronco; engenharia computacional; processos oxidantes e antioxidantes em biomedicina; violência; e óptica, biofotônica e física atômica e molecular.
| CEPID | Cidade | Unidade USP | Site | Responsável | |
| Centro de Estudos da Metrópole (CEM) | São Paulo | FFLCH | centrodametropole.fflch.usp.br | centrodametropole@usp.br | Eduardo Cesar Leão Marques |
| Centro de Estudos de Carbono em Agricultura Tropical (CCARBON) | Piracicaba | ESALQ | ccarbon.usp.br | ccarbon@usp.br | Carlos Eduardo Pellegrino Cerri |
| Centro de Pesquisa em Alimentos (FoRC) | São Paulo | FCF | https://forc.net.br/ | forc@usp.br | Bernadette Dora Gombossy de Melo Franco |
| Centro de Pesquisa em Alimentos (FoRC) | São Paulo | IQ | sites.usp.br/cepidb3 | cepid-b3@iq.usp.br | Shaker Chuck Farah |
| Centro de Pesquisa, Inovação e Difusão do Centro de Ciências Matemáticas Aplicadas à Indústria (CeMEAI) | São Carlos | ICMC | cemeai.icmc.usp.br | contatocemeai@icmc.usp.br | José Alberto Cuminato |
| Centro de Pesquisa em Doenças Inflamatórias (CRID) | Ribeirão Preto | FMRP | crid.fmrp.usp.br | crid@fmrp.usp.br | Fernando de Queiroz Cunha |
| Centro de Processos Redox em Biomedicina (Redoxoma) | São Paulo | IQ | redoxoma.iq.usp.br | admcepid@iq.usp.br | Ohara Augusto |
| Centro de Estudos do Genoma Humano e Células-Tronco (Genoma USP) | São Paulo | IB | genoma.ib.usp.br | genoma@ib.usp.br | Mayana Zatz |
| Centro de Pesquisa, Inovação e Difusão em Neuromatemática (NeuroMat) | São Paulo | USP | neuromat.numec.prp.usp.br | neuromat@numec.prp.usp.br | Oswaldo Baffa Filho |
| Centro de Pesquisa em Óptica e Fotônica (CePOF) | São Carlos | IFSC | cepof.ifsc.usp.br | site_cepof@ifsc.usp.br | Vanderlei Salvador Bagnato |
| Centro de Terapia Celular (CTC) | Ribeirão Preto | USP | ctcusp.org | imprensa.cepid@hemocentro.fmrp.usp.br | Dimas Tadeu Covas |
| Núcleo de Estudos da Violência (NEV-USP) | São Paulo | PRP-USP | nev.prp.usp.br | nevimprensa@gmail.com | Sérgio França Adorno de Abreu |